免费查重工具与付费版在功能、准确性、使用体验等方面存在明显区别。免费查重工具通常提供基础的查重功能，但对长文本、专业领域的查重效果可能不佳，而付费版则通常拥有更强大的算法和更准确的查重结果。此外，付费版通常支持更多文件格式、更大文本容量的查重，同时提供更多的定制化功能。在使用体验上，免费查重工具可能存在广告干扰、限制使用次数或查重次数等问题，而付费版通常提供更稳定、更快速、更专业的服务。

另外，免费查重工具与付费版在数据安全性方面也有差异。免费查重工具通常需要用户上传文档至其服务器进行查重，用户的文档数据可能存在泄露风险；而付费版通常会提供更加严格的数据保护措施，保障用户文档的安全性。因此，用户在选择使用免费查重工具还是付费版时，除了考虑功能和准确性之外，还需要关注数据安全等方面的问题。